При удалении сотрудника из системы, у всех лидов и сделок, привязанных к нему, изменится владелец на "Без владельца".
Эти лиды легко найти, задав соответствующий фильтр, и переназначить на другого сотрудника.
Вы также можете перед удалением сотрудника перевести подобным способом все его лиды и сделки на другого сотрудника и только после этого совершить удаление.